In origine si ritenne che fosse stata una colonia o un "castrum" romano, senza nome e senza confini, ma gli storici preferiscono parlare di S.Giovanni come di un borgo nato nel sec.XII, diventato in seguito castello ed infine comune.
I Malatesta di Rimini gli attribuirono un valore strategico e nella prima meta del 1400 rinforzarono le difese esterne.
Nel 1504 passo dai Malatesta al signore di Venezia e poi alla Chiesa che la diede in feudo al ducato d'Urbino, nel 1631 ritorno alla S.Sede. Luogo storico per l'eccellenza è sicuramente la Chiesa di S.Pietro Apostolo (1750) che custodisce alcuni dipinti di grande interesse storico.
Da non perdere le serate delle "Streghe".